Schon 1870/1871 im Krieg zwischen Preußen und Frankreich wurde eine Besetzung der Insel Borkum befürchtet und einige Soldaten kamen auf die Insel.
Anfang des 20. Jahrhunderts erlebte Europa die intensivste Zeit des Imperialismus. In Deutschland sah Kaiser Wilhelm II die Zukunft in Afrika, Asien und auf dem Meer. Zur Durchsetzung dieser Interessen kam die Forderung nach einer stärkeren deutschen Flotte. Durch die zunehmenden politischen Spannungen zwischen Deutschland und England wurde Ende des 19. Jahrhunderts die militärische Befestigung der ostfriesischen Küste erwogen. Dies führte dazu, dass Kaiser Wilhelm II Borkum 1902 zur Seefestung erklärte und der militärische Ausbau der Insel begann.
Die Festung Borkum sollte den Flottenstützpunkt Emden decken und den aus Emden und Wilhelmshaven auslaufenden Kriegsschiffen Flankenschutz gewähren. Es sollte vermieden werden, dass der Feind Ankerplätze in Inselnähe nutzt, oder die Insel gar als Brückenkopf einer Landung auf dem Festland genutzt wird.
Die Engländer planten im Ersten Weltkrieg eine Landung auf Borkum. Diese wurde von Winston Churchill eigenhändig ausgearbeitet. Nach der Niederlage der Briten in den Dardanellen 1915 ist diese jedoch nicht durchgeführt worden.
Im Dritten Reich erfolgte ein weiterer Ausbau der Festung Borkum und ca. 5.000 Soldaten wurden auf der Insel stationiert. Dort startete Wernher von Braun 1934 erstmalig zwei Raketen und gegen 1944 wurde das Kleinst U-Boot Molch im Hafen erprobt.
Ab 1959 nutzte die Bundesmarine den Marinehafen. Am Borkumer Nordstrand führte die NATO groß angelegte amphibische Kampfhandlungen durch.
Unter den Dünen der Insel verbergen sich noch heute zahlreiche Reste von Befestigungsanlagen und Bunkern. Dem genauen Beobachter entgeht nicht wie sehr die Festung Borkum die Insel bis heute prägt. Die Schließung des Bundeswehrstandortes Borkum 1996 führte zu empfindlichen Einbußen der einheimischen Wirtschaft, die über Jahrzehnte von den Soldaten profitierte. Von nun an hat die Insel neben dem Tourismus kein zweites Standbein mehr. Die Fläche auf der Reede musste tourismusschonend vermarktet werden. 20 Jahre nach Schließung des Bundeswehrstandortes hat sich nun dort ein neuer Stadtteil entwickelt, der zum Teil als Wohngebiet und Industriegebiet genutzt wird.