Nach jahrelangen Reisen durch das Universum auf der Suche nach Frieden und Freundschaft zwischen Menschen und Außerirdischen, bricht die die furchtlose Crew der Enterprise, die Captain Jean-Luc Picard (Patrick Stewart) längst als seine Familie betrachtet, auseinander. Sein
1. Offizier, William T. Riker (Jonathan Frakes), hat Deanna Troi (Marina Sirtis), den Schiffs-Counselor, geheiratet und soll das Kommando der U.S.S. Titan übernehmen.

Während die U.S.S. Enterprise von Rikers Hochzeit in seiner Heimat Alaska nach Betazed, der Heimatwelt von Troi, unterwegs ist, wo eine zweite traditionelle Hochzeitszeremonie stattfinden soll, fängt der Leitende Ingenieur Geordie La Forge (LeVar Burton) eine ungewöhnliche
elektromagnetische Signatur vom nahegelegenen Planeten Kolarus III auf. Ein kurzer Zwischenstop fördert die verstreuten Teile eines Androiden zutage - eines Androiden, der sich als Prototyp von Data, dem Lieutenant Commander der Enterprise, (Brent Spiner) erweisen könnte.

Kaum wieder auf Kurs nach Betazed wird das Raumschiff abermals umgeleitet; Picard erhält von Admiral Janeway (Kate Mulgrew) die Nachricht, dass die Romulaner, seit langer Zeit Feinde der Föderation, nach Unruhen eine neue politische Führung haben, und dass ihr neuer Prätor einen
Friedensvertrag mit der Föderation aushandeln will. Die Enterprise ist als Sternenflottenschiff der neutralen Zone am nächsten und so obliegt es Picard und seiner Crew, im Auftrag des Oberkommandos herauszufinden, ob der Prätor den Vorschlag ernst meint.

Bei ihrer Ankunft stellt Picard erstaunt fest, dass der neue Prätor überhaupt kein Romulaner ist, sondern vom Schwesterplaneten Remus stammt. Shinzon (Tom Hardy), der neue Herrscher von Romulus, ist weder Romulaner noch Remaner, sondern in Wahrheit eine menschliche Kopie von
Jean-Luc Picard - und zwar ursprünglich von den Romulanern repliziert, um damit Picard als Captain zu ersetzen und somit als Waffe gegen die Föderation zu verwenden. Dieser Plan war jedoch vor langer Zeit aufgegeben worden und Shinzon in die Dilizium-Minen von Remus verbannt
worden.

Unglücklicherweise verschwand Shinzon nicht wie von den Romulanern geplant, sondern gelangte in die Obhut von Viceroy (Ron Perlman), einem rätselhaften Remaner. Dieser verschaffte ihm soviel Stärke und Macht, dass Shinzon erfolgreich die militärische Herrschaft über seine
"Schöpfer" erlangte und zum neuen Romulanischen Prätor wurde.

Shinzon versichert Picard zwar, dass die Romulaner einen Friedensvertrag wollen, aber ist er tatsächlich an einer friedlichen Einigung mit der Föderation interessiert? Shinzon verfügt über eine Waffe mit ungeheurer Zerstörungskraft und hätte die Macht, die Enterprise und ihre gesamte
Crew zu vernichten. Er hätte sogar die Möglichkeit, die Erde auszulöschen. Und natürlich begegnet Shinzon Picard mit besonderer Heimtücke, der in ihm auf den gefährlichsten Widersacher seines Lebens trifft...