In RayStorm, angesiedelt in einem Paralleluniversum, sind die Erde und die Menschheit so weit vorangeschritten, dass sie ihre Weltraumkolonien bis in den Arm des Orion ausgebreitet haben. Um die Sicherheit weiterhin zu gewährleisten, verhängt die Erde das Kriegsrecht aber eine Föderation von Kolonien, welche unter der Führung der Kolonie Secilia steht, stürzt die Regierung der Erde und plant, den Planeten und alle Menschen darauf auszulöschen. Um dem entgegenzuwirken, schickt die Erde ein im Geheimen entwickeltes Kampfflugzeug mit dem Codenamen R-Gray aus, in der Hoffnung, die Atmosphäre von Secilia zu durchdringen und die Operationsbasis von Secilia, das Juda Central System, zu vernichten.